De missie vormt de basis voor alle activiteiten van Stichting Fluvium. In de missie geven we aan waar we voor staan. De missie is niet tijdsgebonden. Ze dient om eenduidigheid van het gedrag van betrokkenen te creëren, de gelijkgezindheid te versterken en de onderlinge communicatie en sfeer binnen de organisatie te verbeteren. De missie is als volgt verwoord:

Stichting Fluvium staat voor het stimuleren en waarborgen van kwalitatief hoogwaardig, innovatief en gevarieerd openbaar onderwijs, waarin veel aandacht is voor samen leren, samen werken en samen leven.

Onze identiteit is gebaseerd op de beginselen voor openbaar onderwijs. Dit betekent dat Stichting Fluvium algemeen toegankelijk is voor iedereen die de beginselen respecteert. Deze waarde passen wij toe bij het toelaten van leerlingen, het aanstellen van personeel, de benoeming van bestuursleden, de verkiezing van medezeggenschapsraden en het bevorderen van ouderparticipatie.

De Fluvium-scholen behouden hun eigen identiteit, zonder daarbij de doelstellingen van de stichting uit het oog te verliezen. Het motto daarbij luidt: verscheidenheid in eenheid.